Пегас Дж. Крауфорд, используя силу своего Глаза Тысячелетия, крадет душу дедушки Юги, Сугороку Муто. Чтобы спасти его, Юги вступает в турнир Пегаса на его частном острове. Тем временем, Джоночи Катсуя узнаёт, что его сестре нужны деньги на глазную операцию и тоже решает вступить в турнир, чтобы выиграть деньги. А также, Пегас пытается убрать Сето Кайбу из главы его компании "КайбаКорп".

Перед следующим сезоном, в аниме присуствует несколько коротких игр. Вначале, Юги встретит чемпиона США Рэббеку Хопскинс, внучка друга Сугороку, и сразится с ней. После этого, по просьбе Мокубы, Юги и его друзьям надо будет войти в виртуальную реальность, созданную "КайбаКорп" чтобы спасти Сето Кайбу. И наконец, Юги сыграет в новую игру, "Подземные Дайс Монстры", против её создателя Отоги Рюдзи.

Описание:
Сето Кайба узнает о трёх легендарных картах с богами от Ищизу Иштар, которая, в свою очередь, дает ему одну из них - Обелиска. И затем, просит провести турнир, чтобы получить обратно от "Вампиров" оставшиеся две карты - Осириса и Ра. Тем временем, Юги и тоже узнает о этих трёх картах и то, что они могут помочь восстановить память его альтер-эго.

Финал "Города Битв" проводится на дирижабле Сето Кайбы, финалистами которого являются Юги, Кайба, Джоночи, Май, Бакура, Наму, Марик и Ищизу. Однако не всё так просто, так как Бакура ожержим его злым альтер-эго, Мариком притворяется Ришид Иштар, а Наму на самом деле сам Марик. Кроме того, позднее, Марик становится одержим еще более злым альтер-эго.

После всех сражений, корабль выходит из под конроля и втягивается в море. Юги и все его друзья попадают в "Мир Виртуальной Реальности" молодого парня по имени Ноа, который, на самом деле, является настоящим сыном Гонсабуро Кайбы. Всем героям предстоит сразится с новыми врагами и выбраться оттуда.

Финал "Города Битв" продолжается на острове Алькатраз. Все начинается с рояльной битвы. Юги, Кайба, Джоночи и Марик сражаются с друг другом чтобы решить кто с кем будет потом сражаться. Победитель этого турнира станет настоящим "Королем Игр".

Описание:
Древняя организация "Дома" крадет все три карты с богами и начинает красть души людей чтобы возродить монстра, который послужил разрушению Атлантиса 10 000 лет назад. Чтобы их остановить, Юги, Джоночи и Сето Кайба объединяют силы с тремя легендарными драконами - Тимаэс, Критиас и Хермос, и сражаются с членами организации "Дома".

Сето Кайба организовывает новый турнир в своем парке развлечений "Кайба Лэнд". Он созывает множество дуэлянтов со всего света. Юги, Джоночи и Рэббека тоже вступают в него, с надеждой просто провести хорошо время. На этот раз, сам Кайба не собирается учавствовать в своем турнире. Он хочет, за сценой, проследить чтобы все шло гладко. Однако, есть некий хакер, который пытается взломать главный компьютер КС на этом турнире. Кайба считает что это один из участников.

Время для Ями Юги восстановить свою память наконец настало. Юги и остальные едут в Египет, где и были созданными Реликвии Тысячелетия. Ями Юги должен будет сам войти в свою память и прожить заново последние дни своей жизни, воссоединяясь со старыми друзьями. Но, его новые друзья не забудут про него. Юги с компанией тоже ввойдут в Мир Памяти чтобы помочь Фараону восстановить все его воспоминания, включая его настоящее имя. Однако, они не подозревают, что Ями Бакура будет препятствовать им.

Описание:
Ями Юги получил все, что ему требовалось чтобы вспомнить кто он такой. Однако, прежде чем покинуть смертный мир, Ями Юги должен будет сразиться с самим Юги чтобы решить свою судьбу. Если Юги выиграет, то Фараон сможет мирно уйти в загробный мир. А если проиграет, то остаться. Это последняя битва между ними и конец аниме "Ю-Ги-О! Дуэльные Монстры".